一休寺原名酬恩庵，一休禅师晚年一直居住在此直到八十八岁圆寂，骨殖也埋葬于此。后人为了纪念就将酬恩庵改名为一休寺。

    方丈南庭的枯山水是很有名的。白色的砂代表茫茫的海，“海上”有象征小岛的郁郁葱葱常绿灌木。可惜方丈內部和方丈庭園只能欣賞，不准攝影。

    公元538年的时候，日本开始接受佛教，并派一些学生和工匠到古代中国，学习内陆艺术文化。13世纪时，源自中国的另一支佛教宗派"禅宗"在日本流行，为反映禅宗修行者所追求的"苦行"及"自律"精神，日本园林开始摈弃以往的池泉庭园，而是使用一些如常绿树、苔藓、沙、砾石等静止、不变的元素，营造枯山水庭园，园内几乎不使用任何开花植物，以期达到自我修行的目的。

    因此，禅宗庭院内，树木、岩石、天空、土地等常常是寥寥数笔即蕴涵着极深寓意，在修行者眼里它们就是海洋、山脉、岛屿、瀑布，一沙一世界，这样的园林无异于一种"精神园林"。而这种枯山水庭园对人精神的震撼力也是惊人的。